Folgende Aufgaben werden in einem Gesundheitsamt wahrgenommen:

Für folgende Einrichtungen wird ein Hygienemonitoring durchgeführt (in den einzelnen Bundesländern unterschiedlich geregelt):

Alten- und Pflegeheime
Entlastungseinrichtungen Tagespflege
Ambulanter
Pflegedienst Private
Wohlfahrtsstationen
Krankenhäuser
Einrichtungen mit ambulanter chirurgischer Tätigkeit
Dialysestationen
Psychosoziale Tageskliniken
Arztpraxen
Zahnarztpraxen
Heilpraktiker
Sozialpädiatrische Zentren
Badetherapiepraxen
Massagepraxen
Physiotherapiepraxen
Blutspendeeinrichtungen
Fußpflegeeinrichtungen
body and beauty Pflegeeinrichtungen
Kosmetikstudios mit Maniküre/Pediküre
Sauna gewerblich
Solarium gewerblich
Tattoo- und Piercingstudios
Fitnessstudios
Gemeinschaftseinrichtungen
Schulen
Kindertagesstätten
Gemeinschaftsunterkünfte für Asylbewerber
Übergangsheime für Asylbewerber
Obdachlosenunterkünfte
Sonstige
Heimeinrichtungen Behinderteneinrichtungen
Betreutes Wohnen, kommunale
Jugendherbergen/Erholungsheime
Campingplätze/Zeltlager
Freizeiteinrichtungen/Reitställe
Polizeidienststellen
Zivil- und Katastrophenschutz Einrichtungen
Friedhof und Krematorium
Schiffe
Häfen/Flughäfen
Freibäder
Hallenbäder
EU-Badegewässer Badestellen
Wasserversorgungsanlagen
zentrale
Trinkwasseranlagen
Trinkwasser-Eigenversorgungsanlage
Heilwasserquellen
Dorfbrunnen
Trinkwasser Hausinstallationen Öffentlich
Mobile Trinkwasserversorgung
Abwasserentsorgungsanlagen
Deponien
Sonderabfall-Zwischenlager
Ambulanzen/Ambulanzen Sportanlagen
Kinderspielplätze
Großveranstaltungen
/Messen/Messen
Restaurants/Hotels/Pensionen
Lebensmittelverarbeitende Betriebe/Gastronomie
Öffentlich Toiletten usw.
Das Hygienemonitoring betrifft grundsätzlich nur die hygienischen Bedingungen für Personen in den genannten Einrichtungen. Zu unterscheiden sind Lebensmittelhygiene und Lebensmittelüberwachung, die von speziell geschultem Fachpersonal durchgeführt werden. Diese Aufgaben bzw. die Aufgaben des Veterinäramtes sind nur organisatorisch mit dem Gesundheitsamt in einzelnen Gemeinden zusammengelegt.

Einige der oben genannten Aufgaben wurden in einigen Bundesländern privatisiert, andere werden nur teilweise oder gar nicht als Aufgabe an die Gesundheitsämter übertragen, sodass sich die Zuständigkeiten von Bundesland zu Bundesland unterscheiden können.

Weitere Aufgaben sind die Durchführung der Prüfungen zur Verlängerung des Führerscheins ab dem 50. Lebensjahr (nicht mehr in allen Bundesländern), die Schulaufnahmeuntersuchungen für Kinder vor der Einschulung durch den Kinder- und Jugendgesundheitsdienst ( KJGD), Hilfe für psychisch kranke Menschen (Sozialpsychiatrische Dienste), Suchthilfe und Gesundheitsinformation, Aufklärung und Beratung der Bevölkerung und Unterstützung von gesundheitlichen Selbsthilfegruppen.

Teilnahme und teilweise auch koordinierendes Management von Aktivitäten zur Erfassung der Kindeswohlgefährdung, wie z. B. die Kontrolle der Teilnahme an Vorsorgeuntersuchungen (U1 bis U9/J1 für Kinder) gemeinsam mit den Jugendämtern und unter Einbeziehung von Kinderärzten gehört dazu der neueren Aufgaben des ÖGD in einigen Bundesländern.

Zu den weiteren Aufgaben der Gesundheitsämter gehört die Gesundheitsberichterstattung. Gesetzliche Grundlage für die Arbeit der Gesundheitsämter sind die in den letzten Jahren in den meisten Bundesländern erlassenen Landesgesetze zum öffentlichen Gesundheitsdienst oder gesetzliche Regelungen auf Bundesebene wie das Infektionsschutzgesetz und die Trinkwasserverordnung. Es setzt den Rahmen für die Arbeit der Gesundheitsbehörden.

Die Gesundheitsbehörden arbeiten bei der Erfüllung ihrer Aufgaben mit anderen zuständigen Vollzugsbehörden zusammen. Beispielsweise werden im Rahmen der Gefahrenabwehr Maßnahmen zur Verhütung übertragbarer Krankheiten oder Schutzmaßnahmen zu deren Bekämpfung von der zuständigen Behörde auf Vorschlag des Gesundheitsamtes angeordnet (§ 16 Abs. 6, § 28 Abs. 3 IfSG).